Correlation between the number of false positive variants and the quality of results using Ion Torrent PGM™ sequencing to screen BRCA genes / Correlación entre el número de variantes de falsos positivos y la calidad de los resultados en la secuenciación con Ion Torrent PGM™ para seleccionar genes BRCA

Abstract | Introduction: Next Generation Sequencing (NGS) is cost-effective and a faster method to study genes, but its protocol is challenging. Objective: To analyze different adjustments to the protocol for screening the BRCA genes using Ion Torrent PGM sequencing and correlate the results with the number of false positive (FP) variants. Materials and methods: We conducted a library preparation process and analyzed the number of FP InDels, the library concentration, the number of cycles in the target amplification step, the purity of the nucleic acid, the input, and the number of samples/Ion 314 chips in association with the results obtained by NGS. Results: We carried out 51 reactions and nine adjustments of protocols and observed eight FP InDels in homopolymer regions. No FP Single-Nucleotide Polymorphism variant was observed; 67.5% of protocol variables were jointly associated with the quality of the results obtained (p<0.05). The number of FP InDels decreased when the quality of results increased. Conclusion: The Ion AmpliSeq BRCA1/BRCA2 Community Panel had a better performance using four samples per Ion-314 chip instead of eight and the optimum number of cycles in the amplification step, even when using high-quality DNA, was 23. We observed better results with the manual equalization process and not using the Ion Library Equalizer kit. These adjustments provided a higher coverage of the variants and fewer artifacts (6.7-fold). Laboratories must perform internal validation because FP InDel variants can vary according to the quality of results while the NGS assay should be validated with Sanger.

Resumen | Introducción. La secuenciación de nueva generación es un método rentable y rápido para el estudio de los genes, pero su protocolo entraña desafíos. Objetivo. Investigar diferentes ajustes del protocolo de selección de los genes BRCAmediante secuenciación de Ion Torrent PGM™ y correlacionar los resultados con el número de variantes de falso positivo. Materiales y métodos. El proceso de preparación de la biblioteca, el número de falsos positivos InDels, la concentración de la biblioteca, el número de ciclos en el paso de amplificación de objetivos, la pureza del ácido nucleico, la entrada y el número de muestras por chip del Ion-314 se analizaron en asociación con los resultados obtenidos por secuenciación de nueva generación secuenciación de nueva generación. Resultados. Se hicieron 51 reacciones y nueve ajustes de los protocolos, y se observaron ocho falsos positivos InDels en las regiones de homopolímeros. No se observó ninguna variante de polimorfismo de nucleótido simple falso positivo. En 67,5 % de los casos, las variables de protocolo en su conjunto se asociaron con la calidad de los resultados obtenidos (p<0,05). El número de falsos positivos InDels disminuyó al aumentar la calidad de los resultados. Conclusiones. El panel comunitario Ion AmpliSeq BRCA1/BRCA2 tuvo un mejor rendimiento, con cuatro muestras por chip Ion-314 en lugar de ocho, y el número de ciclos en el paso de amplificación, incluso con ADN de alta calidad, fue mejor con 23. Se observaron mejores resultados con el proceso de ecualización manual y sin el uso del kit Ion Library Equalizer. Estos ajustes proporcionaron una mayor cobertura de las variantes y menos artefactos. Los laboratorios deben realizar la validación interna porque las variantes de falsos positivos InDel pueden variar según la calidad de los resultados. La secuenciación de próxima generación debe validarse con Sanger.

Efectos demográficos, clínicos y biológicos de la postergación de la maternidad / Demographic, clinical, and biological effects of delayed maternity

En el presente artículo se analizan los efectos de la postergación de la maternidad en tres ámbitos: i) demográfico, ii) clínico y iii) biológico. Desde luego, la literatura demográfica existente procede fundamentalmente de países con un buen grado de desarrollo, pero se ha realizado un esfuerzo por reunir la mayor cantidad de datos de países en desarrollo. Así se analiza la situación en Europa, EE.UU. y Latinoamérica para finalizar esta sección con la realidad específica en Chile. Desde el punto de vista clínico, se pone especial interés en los cambios que experimenta la probabilidad de embarazo por ciclo (definida como fecundabilidad) y la fertilidad en general. En los aspectos perinatológicos se enfatiza el incremento de frecuencia de la muerte fetal in útero temprana (aborto espontáneo) y tardía con especial mención de algunas patologías (frecuencia del síndrome de Down y otros). Se establece además la frecuencia significativamente mayor de bajo y muy bajo peso de nacimiento, necesidad de hospitalización del recién nacido (morbilidad perinatal) así como el efecto sobre la mortalidad neonatal.Biológicamente la postergación de la maternidad tiene su correlato en la pérdida de reserva ovárica y la disminución de la calidad ovocitaria que involucra un aumento en la incidencia de fallas de fecundación y embriones con bajo potencial de desarrollo y aneuploidías dependientes fundamentalmente de la edad materna. También se hace mención a algunos aspectos del envejecimiento uterino y sus consecuencias en el desarrollo y función placentaria. El enfoque se centra fundamentalmente en la mujer, pero incluye aspectos de la contribución masculina a esta temática.

This article analyzes the effects of the postponement of maternity in three areas: i) demographic, ii) clinical and perinatological and iii) biological. Of course, the existing demographic literature comes primarily from well-developed countries, but an effort has been made to collect as much data from developing countries. The situation in Europe, the U.S. and Latin America is analyzed to end this section with the specific reality in Chile. From the clinical point of view, special interest is placed on changes in the probability of pregnancy by cycle (defined as fecundability) and fertility in general. In the perinatological aspects, the increased frequency of early fetal death (spontaneous abortion) and stillbirth is emphasized, with special mention of some pathologies (frequency of Down syndrome and others). It is also stressed the significant higher frequency of low and very low birth weight, the need newborn hospitalization (perinatal morbidity), as well as the effects on neonatal mortality. Biologically, the postponement of maternity has its correlation in the loss of ovarian reserve and the decrease in oocyte quality that involves an increased incidence of fertilization failure and embryos with low potential for development and aneuploidies, mainly dependent on maternal age. Some aspects of uterine aging and its consequences on placental development and function are also mentioned. The discussion is mainly focused on women, but includes some aspects of the male contribution to this issue

Detección de la mutación de la enzima isocitrato deshidrogenasa en gliomas difusos grados II, III y IV / Detection of isocitrate dehydrogenase enzyme mutation in grades II, III and IV diffuse gliomas

Introducción. Los gliomas son las neoplasias malignas primarias más frecuentes del sistema nervioso central, asociadas con una mortalidad y morbilidad elevadas. Las mutaciones en los genes IDH1 e IDH2 de la enzima isocitrato deshidrogenasa (IDH) son clave en la tumorogénesis, y son consideradas un factor pronóstico importante en estas neoplasias. En este estudio se buscó determinar la presencia de mutaciones de los genes IDH1 e IDH2 en pacientes con diagnóstico de glioma difuso en diferentes grados, y su correlación con la sobrevida. Metodología. Se realizó un estudio descriptivo, prospectivo y retrospectivo. La población de estudio fueron pacientes entre los 18 y 45 años con diagnóstico de glioma difuso grado II, III y IV, atendidos en el Hospital San Vicente Fundación de Medellín, entre 2012 y 2017, en quienes se realizó un análisis de mutaciones en los genes IDH1 e IDH2 por secuenciación Sanger y tinción de inmunohistoquímica. Resultados. Se incluyeron 14 pacientes con edad promedio de 37 años, 57% de sexo masculino. Glioblastoma fue la neoplasia más frecuente, diagnosticada en el 42,9% de casos. Por inmunohistoquímica, 10 de los 14 (71,4%) pacientes presentaron mutación de la enzima IDH1, en tanto que 1 de los 11 (9%) pacientes en quienes se logró la secuenciación del gen IDH2, mostró mutación. En general, el 78,6% presentó mutaciones de la enzima IDH, con promedio de sobrevida de 48 meses. Conclusión. Estos hallazgos sugieren que los gliomas son un grupo heterogéneo de tumores, con gran variabilidad genética que impacta en su pronóstico y comportamiento

Introduction. Gliomas are the most common primary malignancies of the central nervous system, associated with high mortality and morbidity. Mutations in the isocitrate dehydrogenase (IDH) enzyme IDH1 and IDH2 genes, are key in tumorigenesis, and are considered an important prognostic factor in these neoplasms. This study aimed to determine the presence of IDH1 and IDH2 gene mutations in patients diagnosed with diffuse glioma in different degrees, and their correlation with survival. Methodology. A descriptive, prospective and retrospective study was conducted. The study population consisted of patients between the ages of 18 and 45 with a diagnosis of grade II, III and IV diffuse glioma, treated at the Hospital San Vicente Fundación in Medellín, between 2012 and 2017, in whom an analysis of IDH1 and IDH2 gene mutations was performed by Sanger sequencing and immunohistochemical staining. Results. Fourteen patients with a mean age of 37 years were included, 57% were male. Glioblastoma was the most frequent neoplasm, diagnosed in 42.9% of the cases. By immunohistochemistry, 10 of the 14 (71.4%) patients had a mutation of the IDH1 enzyme, while 1 of the 11 (9%) patients in whom IDH2 gene sequencing was achieved showed a mutation. In general, 78.6% had IDH enzyme mutations, with an average survival of 48 months. Conclusion. These findings suggest that gliomas are a heterogeneous group of tumors, withgreat genetic variability that impacts their prognosis and behavior

Fundamentos y aplicaciones biomédicas de las principales tecnologías de secuenciación: una revisión de literatura / Biomedical Foundations and Applications of Major Sequencing Technologies: A Literature Review / Fundamentos e aplicações biomédicas das principais tecnologias de sequenciamento: uma re-visão da literatura

Introducción: el objetivo de la secuenciación es determinar la composición de los nucleótidos presentes en el ADN o el ARN. Desde la finalización del proyecto genoma humano, surgieron diversas tecnologías de secuenciación rápida como Roche 454, SOLiD, Illumina, Ion Torrent, PacBio y Oxford Nanopore, más precisas y costoeficientes, que permiten desarrollar proyectos a gran escala y estudiar genes y genomas, la composición de microbiomas, enfermedades metabólicas y enfermedades genéticas que afectan a la población. Objetivo: describir los fundamentos de los métodos de secuenciación de ADN y sus aplicaciones en las ciencias biomédicas. Métodos: revisión descriptiva de las principales estrategias de secuenciación de ADN de primera, segunda y tercera generación y su aplicación en el entorno biomédico, a partir de la búsqueda de artículos en bases de datos electró-nicas especializadas en investigación científica. Se encontraron 118 documentos, de los cuales se excluyeron 6, por no cumplir con los criterios de inclusión, y se seleccionaron 112, por cumplir con todos los requisitos. Conclusiones:el surgimiento de los métodos de secuenciación de siguiente generación arroja una gran canti-dad de datos, incluidos genomas secuenciados completamente de varias especies, con un rendimiento extenso, tiempos reducidos y costoeficiencia, que lleva a la completa transformación de las ciencias de la vida y logra un progreso sin precedentes en el análisis de genomas, la evaluación de la ecología microbiana y el diagnóstico de enfermedades.

Introduction: The purpose of sequencing is to determine the composition of the nucleotides present in DNA or RNA. Since the completion of the human genome project, several sequencing technologies such as Roche 454, SOLiD, Illumina, Ion Torrent, PacBio and Oxford Nanopore have emerged as tools for rapid sequencing, with greater precision and cost-efficiency, allowing the development of lar-ge-scale projects and the study of genes and genomes, along with the composition of microbiomes and the study of metabolic and genetic diseases that affect the population. Objective: To describe the foundations of the methods of DNA sequencing and their applications in the biomedical sciences. Methods: Descriptive review of the main strategies of first, second and third generation DNA sequencing and their application in the biomedical environment. This review was carried out by searching articles in electronic databases specialized in scientific research. A total of 118 papers were found, of which 6 were excluded as they did not meet the inclusion criteria and 112 were selected as meeting all the requirements. Conclusions: The emergence of next-generation sequencing methods yielding a wealth of data, including fully sequenced genomes of various species, with extensive throughput, reduced time and cost-effec-tiveness that has led to the complete transformation of the life sciences, achieving unprecedented progress in genome analysis, assessment of microbial ecology and disease diagnosis

Introdução: o objetivo do sequenciamento é determinar a composição dos nucleotídeos presentes no DNA ou RNA. Desde a conclusão do projeto do genoma humano, surgiram diversas tecnologias de sequenciamento rápida como Roche 454, SOLiD, Illumina, Ion Torrent, PacBio e Oxford Nanopore, mais precisas e econômicas, que permitem o desenvolvimento de projetos de grande escala e estudo de genes e genomas, composição de microbiomas, doenças metabólicas e genéticas que afetam a popula-ção. Objetivo: descrever os fundamentos dos métodos de sequenciamento de DNA e suas aplicações nas ciências biomédicas. Métodos: revisão descritiva das principais estratégias de sequenciamento de DNA de primeira, segunda e terceira geração e sua aplicação no ambiente biomédico, a partir da busca de artigos em bases de dados eletrônicas especializadas em pesquisa científica. Foram encontrados 118 documen-tos, dos quais 6 foram excluídos por não atenderem aos critérios de inclusão e 112 fo-ram seleciona-dos por atenderem a todos os requerimentos. Conclusões: o surgimento de métodos de sequenciamento de próxima geração rende uma riqueza de dados, incluindo genomas totalmente se-quenciados de várias espécies, com produção extensa, tempos reduzidos e eficiência de custo, levando à transformação completa das ciências da vida e alcançando um progresso sem precedentes no genoma análise, avaliação de ecologia microbiana e diagnóstico de doenças.

GenoType MTBDR plus 1.0 ® para la detección de resistencia cruzada entre isoniacida y etionamida en aislamientos de Mycobacterium tuberculosis multirresistentes / GenoType MTBDR plus 1.0 ® for the detection of cross-resistance between isoniazide and ethionamide in isolates of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis

Introducción. Una parte de los aislamientos de Mycobacterium tuberculosis multirresistente también presenta resistencia a la etionamida. Es importante determinar si la resistencia a la isoniacida es independiente o se cruza con la resistencia a la etionamida, ya que si sucede lo segundo habría que reevaluar el tratamiento antituberculoso de segunda línea. La prueba molecular GenoType MTBDR plus ® detecta las mutaciones asociadas con la resistencia a isoniacida y podría detectar la resistencia cruzada a la etionamida. Objetivo. Evaluar la prueba GenoType MTBDR plus ® y comparar su desempeño con el de la secuenciación, en la detección de mutaciones en el gen katG y en el promotor inhA en aislamientos clínicos de M. tuberculosis multirresistente. Materiales y métodos. Se utilizaron el estuche comercial GenoType MTBDR plus 1.0 ® y la secuenciación para evaluar mutaciones en el gen katG y en el promotor inhA en 30 aislamientos de M. tuberculosis multirresistente con resistencia a la etionamida. La cepa de laboratorio H37Rv y tres aislamientos sensibles a los medicamentos de primera línea, sirvieron de control. Resultados. Al comparar los resultados de la secuenciación y de la prueba GenoType MTBDR plus ® , el índice kappa fue de 1. Todos los aislamientos resistentes a la isoniacida y la etionamida tenían las mutaciones detectadas con la prueba GenoTypeMTBDR plus ® en el gen katG, y 40 % de ellos, las detectadas en el promotor inhA. Mediante secuenciación se encontraron, además, mutaciones en katG en posiciones diferentes a las detectadas por la prueba GenoType MTBDR plus ® . Conclusión. La prueba GenoTypeMTBDR plus ® tiene la capacidad de detectar rápidamente la resistencia a isoniacida. Además, los resultados del estudio sugieren que también podría utilizarse como prueba de tamización para detectar la resistencia cruzada a etionamida.

Introduction: A variable proportion of isolates of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis also presents resistance to ethionamide. It is important to determine whether resistance to isoniazid is independent or crossed with resistance to ethionamide, given that this could lead to the re-evaluation of second-line anti-tuberculosis treatment. The GenoType MTBDR plus ® molecular test is used for the detection of MDR-MTB, as it identifies mutations associated with resistance to isoniazide and could detect cross-resistance with ethionamide. Objective: To evaluate the performance of GenoType MTBDR plus ® in comparison with sequencing in the detection of mutations in gene katG and promotor inhA in clinical isolates of multidrug-resistant M. tuberculosis . Materials and methods: The GenoType MTBDR plus 1.0 ® commercial kit and sequencing were used to evaluate mutations in gene katG and promotor inhA in 30 multidrug-resistant M. tuberculosis isolates that were resistant to ethionamide. The laboratory strain H37Rv and three pan-sensitive isolates acted as controls. Results: The kappa index for the comparison between the results of sequencing and GenoType MTBDR plus ® was 1. All the isolates resistant to isoniazid and ethionamide had the mutations detected by GenoTypeMTBDR plus ® in the katG gene and 40% of them in promotor inhA. Sequencing also revealed katG mutations in positions different to those detected by GenoType MTBDR plus ® . Conclusion: GenoType MTBDR plus ® is able to detect resistance to isoniazid rapidly. Our results suggest that it could also be used to screen for cross-resistance with ethionamide.

Estabilidad de un suero control para proteínas totales como controlador bioquímico en los laboratorios clínicos / Stability of a control serum for total proteins used as a biochemical controller in clinical laboratories

FUNDAMENTO: una de las vías fundamentales para garantizar la calidad en los laboratorios clínicos es mediante el uso del suero control o controlador. El alto costo de estos productos en el mercado nacional es una problemática hoy en día. OBJETIVO: evaluar la estabilidad de un suero bovino adulto para proteínas totales como controlador bioquímico en los laboratorios clínicos. MÉTODO: se realizó un estudio cuasiexperimental, mediante muestreo probabilístico durante tres años (enero de 2010-diciembre de 2012). Se evaluó la estabilidad a tiempo real del suero enriquecido con proteínas totales durante 12 meses a dos temperaturas (refrigeración y congelación). El estudio quedó diseñado para tres lotes por mes y tres determinaciones por lote, para un número total de muestra del estudio (N=63). RESULTADOS: se obtuvo un suero control líquido para proteínas totales. La concentración de proteínas totales, en el producto obtenido en condiciones de refrigeración y congelación se mantuvieron estables por un tiempo de 12 meses. El producto obtenido al compararse con el suero control de la firma OLYMPUS, mostró fluctuaciones similares con respecto a la concentración de proteínas totales. CONCLUSIONES: se logró un material de referencia como controlador estable por un período de 12 meses.

BACKGROUND: one of the main ways to guarantee the quality in clinical labs is by using a control serum or controller. A problem we face is the lack of these products in the domestic market due to their high cost. OBJECTIVE: to evaluate the stability of an adult bovine serum for total proteins as a biochemical controller in clinical labs. METHOD: a quasiexperiment was conducted during three years (January 2010- December 2012) through a probabilistic sampling. The stability in real time of the serum enriched with total proteins was evaluated during 12 months under two temperatures (refrigeration and freezing). The study was designed for three batches per month and three determinations per batch, for a total number of sample of the study (N=63). RESULTS: a liquid control serum for total proteins was obtained. The concentration of total proteins in the product obtained under refrigeration and freezing conditions kept stable for 12 months. The obtained product, when compared to the control serum from the company OLYMPUS, showed similar fluctuations regarding the concentration of total proteins. CONCLUSIONS: a reference material was obtained as a stable controller for a period of 12 months..

Nuevos conceptos fisiológicos de la enfermedad ácido péptica: [revisión] / New physiologic concepts of the peptic acid disease: [review]

Fundamento: los trastornos ácido pépticos son el resultado de diferentes mecanismos patogénicos, producidos por un desbalance entre la secreción excesiva de ácido y/o la disminución de la barrera defensiva de la mucosa. Son enfermedades comúnmente presentes en la práctica médica diaria y producto a su cronicidad, representan un costo importante en la atención sanitaria. Desarrollo: los elementos claves en el éxito de controlar estas enfermedades son el desarrollo de drogas potentes y seguras sobre las bases fisiológicas. Los antagonistas de receptor de histamina II revolucionó el tratamiento de los trastornos ácido péptico debido a su inocuidad y eficacia. Los inhibidores de bomba de protón representan un avance terapéutico adicional debido a la inhibición más potente de la secreción ácida. Los datos obtenidos de los ensayos clínicos y la experiencia observacional confirman la eficacia de estos agentes en el tratamiento de la enfermedad ácido péptica con eficacia y seguridad. Los paradigmas en su velocidad y duración de acción subrayan la necesidad de nuevas variantes químicas que con sólo una dosis produzca una duración confiable del control ácido, particularmente por la noche. Conclusiones: esta evaluación provee una valoración del conocimiento en curso de la fisiología de la producción de ácido para poder enfrentar de las enfermedades ácido- pépticas, tanto como los desafíos en curso y las futuras instrucciones en el tratamiento de las enfermedades mediadas por ácido

Background: peptic acid disorders are the result of different pathogenic mechanisms, taken place by a misbalance between the acid excessive secretion and/or the decrease of the mucosa defensive barrier. These are commonly diseases in daily medical practice due to their chronicity; it represents an important cost in sanitary attention. Development: The key elements in the success of controlling these diseases are the development of potent and safe drugs on the physiologic bases. The histamine-2 receptor antagonists revolutionized the treatment of peptic acid disorders due to their innocuousness and effectiveness. The proton pump inhibitors represent an additional therapeutic advance due to the most potent inhibition in the acid secretion. The obtained data of the clinical trials and the observational experience has confirmed the effectiveness and security of these agents in the treatment of peptic acid disease. Paradigms in their speed and action duration underline the necessity of new chemical variants that just with a single dose produces a reliable duration of the acid control, particularly at night. Conclusions: this assessment provides a knowledge valuation in course of the physiology of acid production, to be able to face peptic-acid diseases as much as the challenges in course and the future instructions in the treatment of diseases mediated by acid

Variability in HIV-1 partial genomic sequences in Costa Rican patients: analysis with different bioinformatics tools / Variabilidad de secuencias genómicas parciales del VIH-1 en pacientes costarricenses: análisis con diferentes herramientas bioinformáticas

OBJECTIVE: To estimate subtype and genomic variability in the HIV pol gene of Costa Rican patients by using different bioinformatics tools and to use this information to establish new policies to better manage these patients. METHODS: A total of 113 pol sequences available from Costa Rican patients under highly active antiretroviral therapy were analyzed by using the Genotyping, REGA, Stanford, and MEGA programs. The pol sequences came from 77 virologic failures (VF) and 36 basal samples (BS). Of the 77 VF, 22 also were sequenced in the env region. RESULTS: No major differences were found among the variables studied. However, there was a tendency for more variability in VF patients with a high baseline viral load. In the pol gene, 75 percent-83 percent of BS and 66 percent-75 percent of VF samples were pure B subtype by Genotyping and REGA, respectively. The other samples presented variations related mainly to circulating recombinant form CRF12 by genotyping or to CRF17 or -29 by phylogenetic analysis or a new possible BD recombinant with all programs. In the Stanford program, all variable samples showed a subtype B with high polymorphism. The variability in the env sequences was lower than that in the pol region. CONCLUSION: The B subtype is predominant in Costa Rican HIV-positive patients. There is high variability within sequences with potential recombination between B and F or D subtypes. The BD recombinant has not been previously reported. This high variability is likely the result of possible recombinant events, nonadherence to antiretroviral therapy, sexual intercourse without protection, and many sexual partners. Similar studies should be done in other countries in the Region, in particular in those places with extensive immigration, in order to decrease the possibility of virus variability as well as the cost of antiretroviral therapy.

OBJETIVOS: Determinar el subtipo y la variabilidad genómica del gen pol del VIH de pacientes costarricenses mediante diferentes herramientas bioinformáticas y el uso de esta información para establecer nuevas políticas para mejorar el diagnóstico y el tratamiento de estos pacientes. MÉTODOS: Se analizaron 113 secuencias del gen pol de pacientes costarricenses bajo tratamiento antirretrovírico de gran actividad mediante cuatro programas: Genotyping, REGA, Stanford y MEGA. Las secuencias pol analizadas provenían de 77 casos considerados fracasos virológicos (FV) y 36 muestras iniciales (MI). También se secuenció la región env de 22 de los 77 FV. RESULTADOS: No se encontraron diferencias importantes entre las variables estudiadas. No obstante, se observó una tendencia a una mayor variabilidad en los pacientes FV que tenían una elevada carga viral inicial. Con respecto al gen pol, 77-83 por ciento de las MI y 66-75 por ciento de las muestras de los FV eran del subtipo B puro según Genotyping y REGA, respectivamente. Las otras muestras presentaron variaciones relacionadas principalmente con la forma recombinante en circulación CRF-12 según Genotyping, con la CRF-17 o la CRF-29 según el análisis filogenético, o una nueva posible forma recombinante BD según todos los programas. Con el programa Stanford, todas las muestras variables reflejaron un subtipo B con elevado polimorfismo. La variabilidad de la secuencia env fue menor que la de la región pol. CONCLUSIONES: El subtipo B fue el predominante en los pacientes positivos al VIH en Costa Rica. Existe una alta variabilidad en las secuencias con una posible recombinación entre los subtipos B, y F o D. La forma recombinante BD no se había notificado antes. Esta elevada variabilidad parece ser el resultado de posibles eventos de recombinación, la falta de adhesión al tratamiento antirretrovírico, las relaciones sexuales sin protección y numerosas parejas sexuales. Se deben emprender estudios similares en otros países de la Región, en particular en los lugares con mucha inmigración, para reducir tanto la posibilidad de que el virus varíe como el costo del tratamiento antirretrovírico.

Aplicación de la enzima SensiScript a un sistema RT-RCP para la obtención de ARN de VIH-1 a partir de muestras de suero almacenadas a -20 oC durante una década

Se demostró la eficacia de la enzima transcriptasa inversa SensiScript para obtener material genético útil en la secuenciación de ácido nucleico de VIH-1, a partir de sueros colectados entre 1989 y 1998 y conservados a temperatura subóptima. Con el empleo de la enzima SensiScript se obtuvo amplificación del ARN del VIH-1 en 86,5 % de las muestras estudiadas, comparado con 20 % al utilizar la enzima AMV-RT. En 13,5 % de las muestras no se obtuvo amplificación con ninguna de las 2 enzimas empleadas.

The efficiency of SensiScript reverse transciptase to obtain useful genetic material in the sequencing of the nucleic acid from HIV-1, starting from sera collected between 1989 and 1998 and kept at suboptimal temperatures, was proved. On using the SensiScript enzyme it was obtained an amplification of the RNA of the HIV-1 in 86.5 % of the studied samples, compared with 20 % on using the AMV-RT enzyme . No amplification was obtained in 13.5 % of the studied samples with any of the 2 enzymes used.